Dal III secolo d.C., iniziò la decadenza del territorio.Molti furono i martiri cristiani, tra cui S. Vincenzo, primo vescovo e patrono del paese. Nei secoli successivi, anche se sottomessa dapprima dal ducato di Spoleto e nel 774 dallo Stato della Chiesa, Bevagna continuò a dipendere dall'Impero.Costituitasi in libero Comune, dopo l'anno mille, fu governata da Consoli e durante le lotte tra Chiesa ed Impero, rimase quasi sempre vincolata allo Stato Pontificio.
Fu annessa al Regno d'Italia nel 1860.